Museum Batik Kota Pekalongan diresmikan pada tanggal 12 Juli 2006 oleh Bapak Presiden Susilo Bambang Yudhoyono didampingi oleh Ibu Negara Ani Yudhoyono bersama rombongan Menteri Kabinet Indonesia Bersatu dan tamu-tamu negara sahabat serta pecinta maupun pemerhati Batik. Kedatangan Presiden RI beserta rombongan sangat bersejarah bagi Kota Pekalongan , karena baru pertama kali itulah Presiden Republik Indonesia , sejak masa kemerdekaan hingga sekarang berkunjung ke Kota Pekalongan. Selain untuk ikut merayakan Hari Koperasi ke-59 yang secara nasional yang dipusatkan di Kota pekalongan , sekaligus untuk meresmikan Museum Batik yang telah lama didambakan keberadaanya oleh masyarakat Pekalongan.
